话接，人类开始定居以后，很多事情就改变了。
01定居生活带来的新疾病
种地虽然能带来更多的食物，但也就此把人类拖进了日复一日的高强度劳作中。虽然人的寿命开始变长，但生活压力比采集狩猎那时候大多了。农牧业一方面需要更多的人力、更多的劳作时间，另一方面食物的存储也引发了人与人之间的争斗、掠夺，这两者都催生出政治组织来，国家由此诞生。
最早的文明诞生地像血吸虫大到城市，小到村庄，人们不再像以前那样东奔西跑，而是长时间待在一个地方。这种生活方式的改变，给了微寄生物新的机会。例如粪便在居住地的堆积，就有助于肠道寄生顺利地进行宿主间的转移。被污染的水源也容易给聚居者带来更广泛的传染。比起狩猎的族群，农民们受感染的几率大了很多，而人口密度的提升也扩大了传染的范围。
除此之外，新的生产过程也给人类带来了染病的风险。首先是像类似水稻这样的灌溉农业，人类需要在温暖的水域中驻足，这给一些寄生虫带来了很大的机会。最典型的就是曾经给我国带来长期困扰的血吸虫，这种可以游动的小东西正是通过水在宿主间进行转移。我们都熟知西汉马王堆墓中的女尸，辛追夫人，考古人员就在她体内就发现了包括血吸虫卵在内的诸多寄生虫卵。古埃及更早，在公元前年左右的木乃伊中就发现了血吸虫卵。可见血吸虫病在农业时代中一直伴随着人类，直到今天。
血吸虫传染路径像血吸虫病这样的疾病使得部分农民会处于虚弱状态，从而难以抵挡其他人的进犯和掠夺，从这个角度来看，农民们需要强有力的政府与军队来保护自己。这是一个很有意思的猜想，逻辑类似于农业中大型水利工程的建设呼唤集权政府。微寄生物与巨寄生物在此相互联系在一起。
除此之外，畜牧业为疫病的传播也立下了大功。随着人类驯化的动物越来越多，人畜之间的接触也越来越频繁。许多更微小的寄生物，如细菌和病毒，从这些动物身上进入人体。麻疹、天花、流感……如今人类身上一大部分传染病都来源于此。野生动物则是另外一环，大家熟悉的腺鼠疫、SARS、埃博拉等，大都是从蝙蝠或啮齿类动物身上感染人类。
埃博拉：由野生动物传给人类动物与人类在传染病上的纠结也源于人类对自然的改造。捕杀、驯化让动物种类减少，而每一种类的数量增多，生态系统变得单调。这对致病寄生物是个好消息，它们只要感染了某一类物种便能大量滋生。
02城市里的病菌
随着人口进一步增长，拥有几十万人的大城市出现了（大约在公元前年左右）。这种密集的人口聚集让无需中介宿主也能传播的细菌和病毒性疫病登上舞台，也就是所谓人传人的传染病，包括麻疹、腮腺炎、百日咳、天花等等（麻疹在现代城市中的延续至少需要50万人口）。
这些疾病被称为文明病，而这些疾病一旦被治愈，人体内便会产生抗体，终生不会再患，因此它们最常出现在儿童身上，又被称为儿童病。
一种新疫病在最开始出现时，往往具有最强的杀伤力，而随着一代代的传播，人体内的针对性免疫逐步完善，疫病也就不再那么可怕。长期来看，大多数文明病对人类的杀伤力并不强，而是保持在一个平衡状态，这对两者的长存也都有好处。在马尔萨斯提出的人口陷阱中，传染病就是在前现代社会中限制人口增长的一个重要因素。
天花，曾经改变不少历史进程的古老病毒03征服者体内的生物武器
但如果考虑到不同的地域与族群，事情就要起变化了。
在人类历史中，文明社会对落后社会进行征服、改造或者殖民的现象屡见不鲜。以往的历史学家将其视为巨寄生方式的扩张，也就是进步的科技、文化、治理方式大家都觉得好，于是欣然接受。然而实际上，微寄生物在其中起了不小的作用。这种征服战争往往伴随着瘟疫的蔓延，而惨遭厄运的大都是被征服的那一方。
我们来比较一下，文明社会因为人口密度大，并且经常通过贸易与征服接触到各地的人群，故而对文明病相当适应；落后社会则处于较为原始、封闭的状态，很可能不曾接触过这些文明病。
当文明水平高的族群A与落后族群B进行接触时，缺乏相关病史的B族群就会被广泛感染。这些文明病也不再只侵袭儿童，而是露出最凶险的攻击力，将男女老少一概通杀。对于B的军队来说，最直接的影响就是非战斗减员。但还有更可怕的事，那就是瘟疫正在逐步消磨B的意志。大量青壮年死亡，无论是巫还是医都束手无策，这会造成对整个社会物质和精神的双重打击，人们会开始怀疑传统习俗和信仰，最终导致社会内部凝聚力的崩溃。这才是瘟疫真正恐怖的地方。
欧洲人带来的传染病让印第安人信仰崩溃这就是文明社会的征服者所拥有的强力「生物武器」，这些体内的小东西，能让被征服的一方迅速放弃抵抗，接受新的文化与观念。
当然剧本在某些地方会有不同。例如印度，南部和东部地区相对落后的族群（被称为「森林居民」）反倒拥有对付西北先进文明的「生物武器」：热带病。这使得印度文明并没有完全将这些森林居民消化掉，而是以种姓的方式兼并之，他们的许多传统仪式和习俗也都保留下来，最后融入到印度教中。直到今天，印度的文化统一性始终较弱，原因之一就是这种早期文明扩张时遭遇的疾病环境。
当然，文明社会的扩张有诸多的原因，但至少，城市里的这些微小病菌值得被记上大大的一笔。
阅读《瘟疫与人》系列：
瘟疫与人（1）｜为什么说人类走出非洲意义重大？